闽北游击纵队的频繁活动，扩大了党在闽赣边区的政治影响，引起了国民党反动派的不安。福建省主席兼保安司令刘建绪令第三行政督察区保安副司令李树功担任闽赣两省联防司令，驻防崇安，专事“清剿”闽北游击纵队。同时还成立了“崇安县勘乱建国动员会”，增设1个常备自卫中队，以对付闽北游击队。此时，仅崇安一县的敌“清剿”兵力就有省保安团1000余人、县自卫队289人、乡团兵229人，此外还有特务小组和各保的壮丁队。

闽北地委根据崇安等地区这一严峻的军事形势，果断决定将闽北地委机关和游击队伍转移到地广人稀、敌人军事力量相对薄弱的江西省上饶县禹溪一带开展活动；对于福建崇安、浦城等地的游击区，采取在敌人并村时“并女不并男，夜并日不并，老并少不并，人并粮不并，皮白心不白，暗中发动群众抗丁抗税”和捕杀特务、恶霸的斗争策略。

8月，闽北地委机关和游击纵队在国民党的包围尚未形成之前，相继撤出崇安，绕道浦城县山下乡的坪阳村，转移到石彼镇的北坑。10月间，二分队队长吴木金在石彼被敌捕获叛变，闽北地委机关和游击纵队迅速转移到江西省上饶县禹溪一带。

11月上旬，闽北地委接到闽浙赣区党委《闽浙赣人民斗争特点与闽浙赣人民游击战的指示》(即“八二八”指示)。同月20日，地委在禹溪召开了闽北第二次积极分子代表大会，会期22天。会议目的主要是总结经验，贯彻“八二八”指示。在对1947年的工作进行全面回顾后，确定了闽北爱国游击战争的方针策略，即在领导上，必须依靠人民，坚持爱国统一战线原则；在策略上，必须灵活运用，把合法斗争、秘密工作与反特务斗争相结合，战胜敌人，发展自己。之后，闽北地委又接到闽浙赣省委《关于发动三十路游击运动的指示》。根据这一指示，闽北游击纵队决定分成两路活动：一部分队员到浦(城)水(吉)松(溪)一带恢复和开辟新区，一部分队员和机关干部到上(饶)广(丰)崇(安)边区开展工作。