2006年5月23日，李肇星外长在多哈出席亚洲合作对话第五次外长会议期间会见日本外相麻生太郎。

2006年7月4日，胡锦涛主席会见来访的日本民主党党首小泽一郎。

2006年7月8日至9日，中日第六轮东海磋商在北京举行。

2006年7月27日，李肇星外长出席马来西亚首都吉隆坡东盟地区论坛外长会议期间与麻生外相再次举行会晤。

2006年8月15日，日本首相小泉纯一郎无视国际社会、亚洲邻国和日本人民的关切和反对，公然参拜靖国神社。中方提出严正交涉。

2006年10月2日，日本新任首相安倍晋三在国会众议院回答有关历史问题的质询时引用“村山谈话”说，日本的殖民统治和侵略给许多国家，特别是亚洲各国人民造成了巨大的损害和痛苦。

2006年10月8日至9日，安倍晋三就任日本首相后首次访问中国。中日领导人对改善和加强两国关系的重要性达成了新的共识。另外中日双方再次确认了坚持中日之间三个政治文件精神，维护中日关系政治基础的重要性。安倍访华被称为“破冰之旅”，标志着中日关系打开政治僵局。

2007年4月11日至13日，中国国务院总理温家宝对日本进行正式访问。中日双方就努力构筑“基于共同战略利益的互惠关系”达成一致，并发表了联合新闻公报。温家宝总理的“融冰之旅”实现了两国领导人互访，使中日关系有了新的良好开端，增强了人们对中日关系未来的信心。