1941年春，在毛泽东的关怀下，李井泉到延安中央党校学习，理论修养得到很大提高。1942年秋，他被调到晋绥联防军司令部（司令员贺龙，徐向前为副司令员）担任秘书长，成为“贺龙的笔杆子”，为联防军的军政建设作出了应有的贡献。

1943年春天，毛泽东任命徐向前担任抗日军政大学（抗大）总校校长。既然是军政大学，校长无疑要懂军事，政委当然要适宜做政治工作，他想到了李井泉。这时，抗大总校刚从敌后河北邢台县浆水镇迁回陕西绥德县西山寺。同时，党中央又决定将设在晋察冀根据地的抗大第二分校、晋西北的第七分校、延安第三分校（即军事学院）与总校合并，合并后新的学期统称第八期。

徐向前、李井泉到达绥德，一面建校，一面接收学员。从1943年4月至6月，中心任务是整编机构，端正思想。为便于管理教育，他们将抗大编成三个教育基本单位，即抗大总校、第二分校和第七分校。

整编中，干部教员缺乏是一个大困难。物资可以通过生产解决，干部怎么办？作为抗大总校政委，李井泉负责“党管干部”事宜，他除了从学员中解决一部分，又请求军委从延安编余人员中调来一部分。

整编就绪之后，从1943年8月至1944年11月，中心任务是整风审干和开展大生产运动。整风占用时间最长，经历了曲折的进程。整风的领导机构为抗大总学习委员会，按党中央指示，由徐向前、何长工、李井泉、徐文烈及各部部长、各大队政委组成，徐向前为学委会书记。作为总校政委，李井泉协助徐向前做了大量工作。

1943年8月14日，总学委会颁发《关于学校整风学习的决定》，标志着抗大整风的开始。《决定》确定的总方针是“清算思想，清算历史，检查工作，审查干部，四种工作有机的密切的配合进行”。

前两月为第一阶段。内容是学习文件，思想整风，和风细雨。10月中旬，康生派整风审干工作组进驻抗大，抗大整风进入第二阶段。其方法是康生“抢救失足者”的那一套，有“坦白运动”“劝说运动”“开大会”“作报告”“集体劝说”“个别谈话”等等。结果，怀疑压倒了信任，使一些人蒙受了冤屈。

12月下旬，中共中央、毛泽东开始下决心纠正整风中的偏差。抗大整风才开始摆脱那种左的做法，转入运动的第三阶段。学校总学委会召开整风工作总结会议，徐向前因在延安没有出席，由李井泉、何长工主持。从这时开始，实际上停止了群众性的审查运动，转入专职干部和骨干、积极分子为主的甄别复查。在中共中央正确指导下，李井泉、徐向前十分关注整风、审干工作，经过甄别复查，那些“坦白分子”“嫌疑分子”基本得到平反。对于李井泉担任抗大政委，有抗大第八期毕业生这样评价：“李政委关心爱护干部，很好地掌握了毛主席的干部政策！”